Die Kirche von Koimesis Theotokou oder Panagia Papameletiou wurde auf einer steilen Klippe erbaut und stammt aus dem 17. Jahrhundert. Das Dach besteht aus Schieferplatten. Auf der Nordseite der Kirche befindet sich die Kapelle von Agios Anargyron. Das Innere der Kirche ist mit Malereien und Ikonen aus dem 17., 18. und 19. Jahrhundert ausgeschmückt.

Die Kirche von Agios Nikoalos wurde auf den Überresten einer älteren Kapelle errichet, von der immer noch hölzerne Teile erhalten sind. Die Malereien stammen aus dem 17. - 19. Jahrhundert.

Die Kirche von Agios Athanassios von Athos oder Ainathonas aus dem 9. Jahrhundert befindet sich auf den Ruinen einer frühen christlichen Kapelle in der venezianischen Festung von Chora.

Die Kirche von Agios Michail Synnadon liegt in der Nähe der Handelsbank. Für ihren Bau wurden große Steinblöcke und Schieferplatten verwendet. Im Inneren kann man 24 Malereien aus dem 17. und 18. Jahrhundert und einen reich verzierten Hochaltar besichtigen.

Die Kirche Christi (Mitropolitikos) mit ihren einzigartigen Schnitzereien und Goldverzierungen der 12 Apostel und Propheten stammt aus dem Jahr 1762. Im Innenhof haben viele Bischöfe ihre letzte Ruhestätte gefunden.

Die kleine Kapelle von Agios Dimitrios enthält unzählige Wandermalereien aus dem 17. Jahrhundert. Der Boden der Kirche von Agios Georgios von Kyratsou ist mit Kies bedeckt und die Wände sind mit feinen Holzschnitzereien geschmückt. Neben den 12 Aposteln, gibt es verschiedenste Malereien und Ikonen aus dem 16. - 18. Jahrhundert.

Die Basilika von Agion Apostolon liegt über dem Rathaus und wurde unter der Aufsicht von Bischof Anastasios erbaut. Weitere sehenswerte Kirchen ist die von Faneromenis gegenüber des Volkskundemuseums, die der Panagia Eleftherotrias und des Agios Nikolaos der Gärten.

Die Kapelle von Agios Ionannis befindet sich auf der Spitze eines 100 m hohen Felsens, der ins Meer ragt. Es gibt keine Aufzeichnungen, wann sie tatsächlich erbaut wurde. Eine lokale Sage erzählt von einem Mann, der mehrmals einen hellen Schein auf der Spitze des Felsens sah. Kurz darauf erschien ihm eine Frau, die ihm sagte, er solle nach der versteckten Ikone des Agios Ioannis suchen. Tatsächlich fand der Mann mit ein paar Einheimischen eine solche auf der Spitze. Als sich am nächsten Tag die Nachricht der Ikone im ganzen Ort verbreitete, begannen die Bewohner Stufen in den Stein zu hauen. Die Ikone wurde in eine nahegelegene Kirche gebracht, aus der sie aber immer wieder verschwand und an ihrem ursprünglichen Fundort erschien. Schließlich beschloss die Gemeinde an genau jener Stelle eine eigene Kapelle zu errichten, da der Heilige allem Anschein nach genau dort bleiben wollte.

Es führen 105 gemeißelte Stufen zu dieser Kapelle, wo die Besucher einen herrlichen Ausblick über die nahgelegene Bucht genießen können.

Das Kloster von Agios Riginos liegt 2 km nordwestlich der Inselhauptstadt und wurde laut einer Inschrift auf den Ruinen einer byzantinischen Kirche im Jahr 1728 erbaut. In Innenhof befindet sich das Grab von Agios Riginos, ein kleiner Sarkophag aus dem 4. Jahrhundert n. Chr.. Agios Riginos ist der Schutzpatron von Skopelos und erster Bischof der Insel. Auf der alten Brücke wurde eine kleine Ikone an jener Stelle angebracht, wo man ihn 362 n. Chr. enthaupten ließ.

Die Bewohner von Skopelos veranstalten jedes Jahr am 25. Februar ein Fest zu seinem Gedenken. Das Kloster gehört zur Gemeinde von Skopelos und ist in den Sommermonaten den ganzen Tag für Gläubige geöffnet.

Diese byzantinische Kloster liegt 3.5 km außerhalb von Chora und zählt zur Abtei Xiropotamou von Agios Oros. Es befindet sich an den Steilhängen der Schlucht und bietet einen einzigartigen Ausblick über die Stadt. Das Kloster wurde von der wohlhabenden Familie Daponte gestiftet - eine Steintafel erinnert daran. Es beeinhaltet eine seltene Austellung von Ikonen, Schnitzereien und Textilien aus dem 16. - 18. Jahrhundert.

Neben dem Kloster der Agia Barbara liegt das Kloster Timiou Prodromou in der Nähe von Chora. Es ist eines der wenigen bewohnten Kloster der Insel und die Nonnen führen Besucher gerne durch die historischen Gänge. Laut einer Inschrift am Eingang wurde das Kloster 1721 vom Mönch Filareto wieder aufgebaut. Sehenswert ist die Sammlung von Ikonen (16. - 18. Jahrhundert), die reich verzierte Kirche mit Schnitzereien von Vögeln, Tieren und Planzen und eine großes Wandmalerei beim Hochaltar, die die Gründung des Klosters darstellt.

Die Kathedrale liegt 10 von Chora entfernt und stammt aus dem 17. Jahrhundert. Sie wurde über einer frühen christlichen Kapelle und einem antiken Tempel errichtet. Die Basilika sollte ursprünglich Sitz des Bischofs von Skopelos werden, konnte aber aufgrund der Überfälle Barbarossas nie fertiggestellt werden.