Παλιά πρωτεύουσα του νησιού και σήμερα η έδρα του Μητροπολίτη με χαρακτηριστική ρυμοτομία και αρχιτεκτονική των σπιτιών με κόκκινα κεραμίδια, ευρύχωρες αυλές και διακοσμητικά ανάγλυφα. Αθέατο από τη θάλασσα χτίστηκε το Μεσαίωνα στις πλαγιές αρχαίου και Βενετσιάνικου κάστρου, όταν οι κάτοικοι του Ποτιδαίου αποσύρθηκαν στο εσωτερικό του νησιού για να αντιμετωπίσουν τις πειρατικές επιδρομές.

Μια καταπράσινη ρεματιά χωρίζει το Απέρι στα δύο και μια γέφυρα ενώνει τις δύο πλαγιές.

Παραδοσιακός οικισμός χτισμένος σε ορεινή και δυσπρόσιτη τοποθεσία που αποτέλεσε και το βασικό κίνητρο για την μετοίκηση προσφύγων της Βρυκούντος και της Νισύρου την περίοδο των αραβικών επιδρομών (7ος-9ος αι). Ο σημερινός οικισμός είναι πολύ μεγαλύτερος από τον αρχικό Μεσαιωνικό, αφού απλώθηκε στις βουνοπλαγιές μόλις η πειρατική απειλή απομακρύνθηκε. Στο βουνό υπάρχουν πάνω από 80 ανεμόμυλοι σε σειρά.

Στα Πηγάδια βρίσκονται αξιόλογα δημόσια κτίρια όπως το δημαρχείο, το ταχυδρομείο και η αστυνομία.