La Prefettura di Chania si trova all'estremità occidentale dell'isola di Creta, confinante con la Prefettura di Rethymnon, a est, ed è circondata dal mare nelle altre tre direzioni. A nord è il mare di Creta, a sud il Mar Libico. La Prefettura si estende su una superficie di 2.376 km2 di cui la maggior parte è montuosa e conta circa 150.000 abitanti.

La spettacolare bellezza naturale della zona comprende la montagna Lefka Ori, che ospita il Parco Nazionale della Gola di Samaria, contenente la Gola di Samaria, che è di 18 km di lunghezza e la più lunga d'Europa. La gola è la sede naturale del raro Kri Kri, un tipo di camoscio che si trova solo a Creta.

Nonostante la grande catena montuosa, si trovano numerose spiagge con mare cristallino che vanno da piccole insenature a lunghi tratti di spiaggia, alcune con ciottoli altre con la sabbia. Sulla costa nord le spiagge diventano profonde dolcemente, ma sulla costa sud sono abbastanza profonde già vicino alla riva.

La Prefettura è circondata da molte piccole isole tutte disabitate ad eccezione di Gavdos, situata a 22 miglia nautiche a sud di Sfakia. Questa isola è il punto più a sud dell'Europa continentale.