Die Geschichte der Ionischen Inseln reicht weit in die Vergangenheit zurück. Hinweise über die ersten Bewohner in der Altsteinzeit konnten vor allem in Kefalonia und Korfu gefunden werden. In der Jungsteinzeit dürfte es zu ersten Kontakten zwischen Griechenland und Italien gekommen sein. Die ersten Griechen erschienen in der Bronzezeit, was vor allem Funde der Minoischen Kulturen belegen.

Homers Epen sind die ersten schriftlichen Aufzeichnungen über die Ionische Kultur. Seine exakten Beschreibungen in der Odysee lassen darauf schließen, dass die mythischen Inseln Othonoi und Faiakon in Wirklichkeit Calypso und Korfu entsprechen.

In der Antike galt Korfu mit seinen Kolonien als starke Wirtschafts- und Seemacht. Der erste nachweisliche Bürgerkrieg fand 472 v. Chr. statt. Im 2. Jahrhundert v. Chr. fielen die Ionischen Inseln unter römische Herrschaft. Mit dem Nierdergang des römischen Reiches wurden die Inseln Teil der östlichen Herrschaftsgebiete und die Gothen, Vandalen aber auch Piraten zogen ein. Ab dem 11. Jahrhundert bis 1799 regierten die venezianischen und französischen Mächte. Lefkada wurde 1479 - 1684 von den Osmanen eingenommen, die große Befestigungsanlagen bauen ließen.

1814 folgte Napolean, bevor die Region 1815 - 1864 an die Engländer ging. In dieser Zeit kam es zur Gründung der ersten griechischen Universität, der Ionischen Akademie. Im Jahr 1864 folgten die Ionischen Inseln dem nun freien Griechenland in die beiden Weltkriege. Vor allem der Zweite Weltkrieg hatte eine hohen Preis und viele mussten ihr Leben lassen.