L'île a été habitée à l'ère néolithique. Les contacts qu'avait Karpathos avec la Crète a joué un rôle important dans le développement de l'île pendant l'âge du bronze. Le plus grand port de l'ile Potideo (maintenant Pigadia) est devenu un lieu de résidence pour de nombreux Crètois donc et a acquis un caractèr minoen. Ces contacts entre les deux îles se poursuivra jusqu' au 14ème siècle av.J.C. époque ou les Mycéniens ont pris le contrôle de Karpathos. Le Potideo fut abandonné après plusieurs incurtions après 1200 av.J.C. Les habitants de l'iles furent déplacées vers des régions plus comme Aperi est ont bâti de la ville de Karpathos. Les Karpatheins ont combattu avec Sparte dans la guerre du Péloponnèse en 431 avant JC et ont conquis l'île de Rhodes en 400 avant J.C.

Au milieu du premier siècle après JC Karpathos était habitée par les Romains, sous l'empereur Dioclitiano. Avant Dioclitiano avait vécu le général Loucoullos. Loucoullos envoyait des bateaux à Karpathos pour pecher les poissons qui y vivaient. Constantin le Grand a légalisée le christianisme en 330 après J.C. et en 395 Théodosios (A) divise l'empire romain en Orient et l'Occident. Karpathos appartenait à l'Est. Alors il ont commencé à construire des églises chrétiennes comme Agia Fotini, Sainte-Anastasie, et d'autres.

Au 5ème siècle après J.C. Karpathos a été fréquemment pillés par les Arabes, les Sarrasins, les Mauritaniens et autres envahisseurs. Ainsi, les habitants ont fui vers les montagnes et établi leurs villages. Après la conquête de Constantinople en 1204, le gouvernement de Karpathos Leo Gavalas a pris le pouvoir et plus tard son frère Ioannis. Plus tard de 1282 jusqu'en 1306, le gouvernement de l'île avaient les frères Andreas et Ludovikos Maresko de Genova et l'île portait le nom latin Scarpanto.

Après les Vénitiens, les Génois sont venus. En 1306 Kornaros Andreas, en 1311 capturé par les Chevaliers de Rhodes jusqu'en 1315, et finalement le dirigeant de Venise. La demeure des Cornaro qui durant sa gouvernance construit de nombreuses forteresses et des églises, a duré jusqu'en 1537, quand a apparut Chairedin Barberosso qui a volé et ravagé l'ile de Karpathos et la remis aux Turcs jamais intéressés à améliorer ou même maintenir l'île.

Les Turcs ne vivaient pas sur l'ile mais envoyaient des agents du fisc pour percevoir les impots et partaient. C'est pour cette raison nous n'avons aucun élèment qui rappellent l'occupation turque de l'île. Les Turcs manifestement evitaient de vivre à Karpathos, parce que ils etaient une cible pour les pirates qui etait devenu la crainte de la région.

Le temps de l'insurrection de la Révolution en avril 1821 Karpathos, ainsi que d'autres îles ont hissé le drapeau grec. L'île pendant la révolution a offert un abri pour combattre navires grecs, de l'argent et même la réparation de navires. La libération est venue en 1823 quand Karpathos a rejoint la en Grèce et a rejoint et intégré la province de Sandorini.

Mais en 1830 grace au Protocole de Londres, le Dodécanèse,a encore ete donné à la Turquie et, enfin, en 1912, aux Italiens. A Karpathos le siège italien a été construit sur une côte rocheuse surélevée à l'extrémité ouest du port le palais de justice actuel.

Au cours de la Seconde Guerre mondiale, en 1943, les troupes allemandes sont arrivés sur l'île et on été rejoint par les Italiens. Les Allemands ont quitté le 4 Octobre 1944. Karpathos a commencé la révoltion contre les envahisseurs le 5 Octobre 1944 au village Menetes, où les hommes du village ont tourné leurs fusils contre les Italiens. Ils ont suivi le village Arkasa et en trois jours le Karpathos était libre. Jusqu'au 12 Octobre les villages Mesochori et Olymbos furent libèrés.

Parce que le temps était mauvais et leurs alliés ne sont pas venu la famine ravaga l'ile. Sept courageux jeunes hommes et après cinq jours de marche arrivèrent à Alexandrie où ils ont demandé l'aide du gouvernement grec. Ils sont revenu le 17 Octobre 1944 avec deux alliés et fut publié la libèration officiel sur l'île. Le 7 Mars 1948 Karpathos s'unis avec la Grèce.